Pracownia Multi-omiki Chorób Człowieka


Kontakt:

Laboratoria B517-B519, IMDiK PAN 

Tel. +48 22 608 66 41

 

Pracownicy:

Dr Dawid Walerych (kierownik)

Dr Maria Grześ (post-doc)

Dr Magdalena Oroń (post-doc)

Mgr Zuzanna Staszczak (doktorantka)

Pomoc techniczna:

Małgorzata Kobryś

 

Profil badawczy:

Pracownia rozpoczęła działalność w 2018 roku. Profil badawczy opiera się na poznawaniu funkcjonowania procesów molekularnych istotnych dla chorób człowieka, przy wykorzystaniu wyników molekularnych metod wysokoskalowych. W szczególności badane są programy molekularne wiodących onkogenów w nowotworach człowieka, w tym zmutowanych TP53, K/H/N-RAS, EGFR, PI3KCA, hiperaktywnego C/N-MYC, CTNNB1 czy komórkowej maszynerii proteasomu. Badania wykonywane są wachlarzem metod wysokoskalowych (m.in. transkryptomika, proteomika) oraz walidacyjnymi metodami niskoskalowymi, nakierowanymi na poznanie mechanizmów działania szlaków molekularnych kontrolowanych przez wiodące onkogeny i wykorzystaniu ich w przedklinicznych próbach terapeutycznych.

Wykorzystywana metodyka:

  • Uzyskiwanie, opracowanie i nakładanie danych z doświadczeń omicznych (genomika, tanskryptomika, proteomika, metabolomika)
  • Molekularne badania funkcjonalne in vitro nad onkogenami i kontrolowanymi przez nie procesami w ludzkich nowotworach – metody genetyczne (np. CRISPR-Cas9), biochemiczne, biologia komórki
  • Fenotypowe badania komórek poddanych manipulacjom genetycznym/potraktowanych lekami in vitro – testy żywotności, migracji, inwazji, tworzenia kolonii 2D/3D, wzrostu w warunkach 3D, tworzenia struktur oragnotypowych, angiogenezy
  • Prowadzenie i analiza bazy mrożonego materiału od pacjentów chorób nowotworowych (guzy, tkanka zdrowa, krew) do stosowania w  badaniach walidacyjnych i asocjacyjnych
  • Uzyskiwanie i zastosowanie do celów badawczych hodowli oragnoidowych z nowotworów
  • Testowanie antynowotworowych metod terapeutycznych na materiale in vitro (linie komórkowe, organoidy) oraz in vivo (heretroprzeszczepy z linii komórkowych i organoidów)

Finansowanie spoza instytutu:

  • Miniatura NCN - 2017/01/X/NZ3/01772 - rok 2018 - „Wpływ oligomeryzacji na onkogenną aktywność mutantów p53”
  • Opus NCN - 2017/25/B/NZ5/01343 – 2018-2021 - „Identyfikacja i terapeutyczne wykorzystanie szlaków molekularnych regulowanych przez proteasom w chorobach nowotworowych człowieka”
  • Sonata Bis NCN - 2017/26/E/NZ5/00663  - 2018-2022 - „Multi-onko-mapa: mapowanie funkcji wiodących onkogenów w chorobach nowotworowych człowieka metodami multi-omiki”
  • Marie-Curie Individual Fellowship Komisji Europejskiej - H2020/795441 – 2018-2020 - „Identification of the proteasome machinery targets in human cancer”

 

Publikacje afiliowane w pracowni:

  • Walerych D*, Pruszko M, Zyla L, Wezyk M, Gaweda-Walerych K, Zylicz A. Wild-type p53 oligomerizes more efficiently than p53 hot-spot mutants and overcomes mutant p53 gain-of-function via a “dominant-positive” mechanism. Oncotarget. 9: 32063-80, (2018).
  • Lisek, K., Campaner, E., Ciani, Y., Walerych, D.* & Del Sal, G.* Mutant p53 tunes the Nrf2-dependent antioxidant response to support survival of cancer cells. Oncotarget 9, 20508-20523,(2018).

 

Wybrane wcześniejsze publikacje pracowników od 2016 roku:

  • Laprovitera N, Grzes M, Porcellini E, Ferracin M. Cancer Site-Specific Multiple microRNA Quantification by Droplet Digital PCR. Front Oncol. 15 (8):447 (2018)
  • Donzelli S, Milano E, Pruszko M, Sacconi A, Masciarelli S, Iosue I, Melucci E, Gallo E, Terrenato I, Mottolese M, Zylicz M, Zylicz A, Fazi F, Blandino G, Fontemaggi G. Expression of ID4 protein in breast cancer cells induces reprogramming of tumour-associated macrophages. Breast Cancer Res. 20(1):59, (2018).
  • Pruszko, M., Milano, E., Zylicz, A., Zylicz, M., Blandino, G. & Fontemaggi, G. Zebrafish as experimental model to establish the contribution of mutant p53 and ID4 to breast cancer angiogenesis in vivo. J Thorac Dis 10, E231-E233, (2018).
  • Stefansson OA, Hermanowicz S, van der Horst J, Hilmarsdottir H, Staszczak Z, Jonasson JG, Tryggvadottir L, Gudjonsson T, Sigurdsson S. CpG promoter methylation of the ALKBH3 alkylation repair gene in breast cancer. BMC Cancer. 17(1):469, (2017).
  • Mantovani, F., Walerych, D. & Sal, G. D. Targeting mutant p53 in cancer: a long road to precision therapy. FEBS J 284, 837-850, (2017).
  • Tosi, A., Dalla Santa, S., Cappuzzello, E., Marotta, C., Walerych, D., Del Sal, G., Zanovello, P., Sommaggio, R. & Rosato, A. Identification of a HLA-A*0201-restricted immunogenic epitope from the universal tumor antigen DEPDC1. Oncoimmunology 6, e1313371, (2017).
  • Pruszko, M., Milano, E., Forcato, M., Donzelli, S., Ganci, F., Di Agostino, S., De Panfilis, S., Fazi, F., Bates, D. O., Bicciato, S., Zylicz, M., Zylicz, A., Blandino, G. & Fontemaggi, G. The mutant p53-ID4 complex controls VEGFA isoforms by recruiting lncRNA MALAT1. EMBO Rep 18, 1331-1351, (2017).
  • Garibaldi, F., Falcone, E., Trisciuoglio, D., Colombo, T., Lisek, K., Walerych, D., Del Sal, G., Paci, P., Bossi, G., Piaggio, G. & Gurtner, A. Mutant p53 inhibits miRNA biogenesis by interfering with the microprocessor complex. Oncogene 35, 3760-3770, (2016).
  • Walerych, D., Lisek, K., Sommaggio, R., Piazza, S., Ciani, Y., Dalla, E., Rajkowska, K., Gaweda-Walerych, K., Ingallina, E., Tonelli, C., Morelli, M. J., Amato, A., Eterno, V., Zambelli, A., Rosato, A., Amati, B., Wisniewski, J. R. & Del Sal, G. Proteasome machinery is instrumental in a common gain-of-function program of the p53 missense mutants in cancer. Nat Cell Biol 18, 897-909, (2016).
  • Walerych, D., Lisek, K. & Del Sal, G. Multi-omics reveals global effects of mutant p53 gain-of-function. Cell Cycle 15, 3009-3010, (2016).

Dodatkowe informacje