Pracownia Mikrośrodowiska Nowotworów

Kierownik
Dr hab. Agnieszka Bronisz - tel. 22 60 86 567 Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.; pokój B-603

Pracownicy naukowi
Mgr Klaudia Kiel - tel. 22 60 86 419 Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.; pokój nr B-610

Manager ds. projektów/Sekretariat
dr n. biol. Elżbieta Lewandowska-Gnatowska – tel. 22 60 86 502; Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.; pokój nr B-625

Doktoranci
Mgr Arpita Balakrishnan tel. 22 60 86 419; Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.; pokój nr B-610 

Byli pracownicy i absolwenci
dr Kamil Krawczyński - tel. 22 60 86 419

Stypendyści NCN OPUS:
Marcin Ciećwierz

Profil badawczy
Pracownia Mikrośrodowiska Nowotworów prowadzi badania nad molekularnymi i komórkowymi mechanizmami komunikacji pomiędzy komórkami nowotworowymi a ich mikrośrodowiskiem, ze szczególnym uwzględnieniem glejaka (GBM) oraz komórek macierzystych glejaka (GSC).

Główne kierunki badań obejmują:
• heterogenność i plastyczność komórek glejaka;
• rolę pęcherzyków zewnątrzkomórkowych (EV) w komunikacji międzykomórkowej i modulowaniu odpowiedzi immunologicznej;
• mechanizmy odpowiedzi nowotworu na stres, niedotlenienie oraz terapie cytotoksyczne i immunologiczne;
• funkcję niekodujących RNA, w tym miRNA i circRNA, w biologii nowotworów;
• immunopeptydomikę i prezentację antygenów przez cząsteczki MHC klasy I;
• wykorzystanie wirusów onkolitycznych i pęcherzyków zewnątrzkomórkowych w immunoterapii glejaka;
• rozwój modeli pacjentopochodnych, hodowli 3D i organoidów do oceny odpowiedzi przeciwnowotworowej;
• integrację danych transkryptomicznych, single-cell, proteomicznych i immunopeptydomicznych;
• identyfikację markerów odpowiedzi na leczenie i rozwój strategii ukierunkowanych na zapobieganie nawrotom glejaka.

Badania Pracowni obejmują zarówno poznawanie mechanizmów biologicznych, jak i ich walidację w modelach przedklinicznych oraz w materiale pochodzącym od pacjentów, z naciskiem na rozwój strategii o potencjale translacyjnym.

Aktualnie realizowane projekty

Współcelowanie mikrośrodowiska nowotworu w adaptacji do niedotlenienia uwrażliwia glejaka na immunoterapię wirusem onkolitycznym

Program finansujący: Narodowe Centrum Nauki, OPUS 23
Numer projektu: 2022/45/B/NZ5/04226
Okres realizacji: 2023–2026
Kierownik projektu: dr hab. Agnieszka Bronisz

Factory of extracellular vesicles for personalized anti-cancer recurrence vaccine (CROSSFIRE)

Program finansujący: Agencja Badań Medycznych, TRANSMED I
Numer projektu: 2024/ABM/08/00106
Okres realizacji: 2026–2029
Kierownik projektu: dr hab. Jakub Godlewski

R&D Manager – dr hab. Agnieszka Bronisz

Przypisywanie stanów transkrypcyjnych komórek glejaka w odpowiedzi na eksperymentalną immunoterapię z wykorzystaniem scRNA-seq

Program: PLGrid / ACK Cyfronet AGH
Grant ID: plgscrnaseqgbm
Numer grantu: PLG/2026/019718
Kierownik: dr hab. Agnieszka Bronisz

Zakończone projekty

Rola niekodującego RNA w modyfikacji epigenetycznych mechanizmów nowotworzenia

Program finansujący: Narodowe Centrum Nauki, OPUS
Numer projektu: 2018/29/B/NZ1/01016
Okres realizacji: 2019–2023
Kierownik projektu: dr hab. Agnieszka Bronisz

Pęcherzyki zewnątrzkomórkowe modyfikowane ex vivo jako szczepionka przeciwnowotworowa pobudzająca odpowiedź immunologiczną

Program finansujący: Narodowe Centrum Nauki, PRELUDIUM
Numer projektu: 2021/41/N/NZ6/02682
Okres realizacji: 2022–2025
Kierownik projektu: mgr Klaudia Kiel

Mapping the Extracellular Vesicle Landscape: An Atlas of Immune Response in Glioblastoma Following Oncolytic Virus Therapy Funding programme

Program finansujący: Fundusz Badań Własnych IMDiK PAN
Numer projektu: FBW 01/2024
Okres realizacji: 2024-2025
Kierownik projektu: mgr Klaudia Kiel

Pęcherzyki zewnątrzkomórkowe modyfikowane ex vivo jako szczepionka pobudzająca odpowiedź immunologiczną w terapii przeciwnowotworowej

Program finansujący: Fundusz Badań Własnych IMDiK PAN
Numer projektu: FBW 001
Okres realizacji: 2021–2022
Kierownik projektu: dr hab. Agnieszka Bronisz

Indukcja śmierci w komórkach glejaka: regulacja genów związanych z ferroptozą w komórkach macierzystych glejaka jako potencjalna terapia

Program finansujący: Fundusz Badań Własnych IMDiK PAN
Numer projektu: FBW 003
Okres realizacji: 2022–2023
Kierownik projektu: dr Kamil Krawczyński

Metody badawcze

  • modele pacjentopochodne  ex vivo (organoidy) oraz in vivo (myszy humanizowane);
  • izolacja i charakterystyka pęcherzyków zewnątrzkomórkowych;
  • wieloparametrowa cytometria przepływowa i cytometria spektralna;
  • sekwencjonowanie RNA pojedynczych komórek (scRNA-seq);
  • transkryptomika przestrzenna;
  • proteomika i spektrometria mas;
  • immunopeptydomika MHC-I;
  • qPCR, Western blot, immunofluorescencja i immunohistochemia;
  • bioinformatyka i integracja danych wieloomicznych;
  • wirusy onkolityczne i strategie immunoterapeutyczne;

Współpraca krajowa i międzynarodowa

  • Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN, Warszawa – cytometria spektralna, wysokowymiarowe profilowanie komórek układu odpornościowego i analizy single-cell;
  • Instytut Genetyki Człowieka PAN, Poznań – transkryptomika przestrzenna, profilowanie molekularne i analizy omiczne;
  • Brigham and Women’s Hospital / Harvard Medical School, Boston, USA – neuroonkologia, wirusy onkolityczne, pęcherzyki zewnątrzkomórkowe i translacyjne badania nad glejakiem;
  • Państwowy Instytut Medyczny MSWiA w Warszawie (PIM MSWiA) – pozyskiwanie materiału pacjentopochodnego, badania przedkliniczne i translacja wyników.

Patenty i rozwój translacyjny

  • US Patent Application 18/031,054 (2023) – Compositions and Methods Targeting circ2082 for the Treatment of Cancer; współtwórca: dr hab. Agnieszka Bronisz.

Interaktywne zasoby danych

Pracownia rozwija i udostępnia interaktywne narzędzia do eksploracji i wizualizacji danych omicznych:

Wybrane publikacje

  1. Bronisz A, Kiel K, Godlewski J. Psychological distress as a putative host-state determinant of cancer immunotherapy response. Front Immunol. 2026 Jul 30;17:1891642. doi: 10.3389/fimmu.2026.1891642. PMID: 42598069; PMCID: PMC13470193.
  2. Szczepaniak A, Karwowski J, Bronisz A, Godlewski J. Circular RNA dynamics in breast-to-brain metastatic cascade. BMC Biology. 2026;24:152. doi: 10.1186/s12915-026-02666-9.
  3. Kiel K, Małuszek M, Piwocka K, Godlewski J, Bronisz A. A standardized single-tube 17-color spectral flow cytometry workflow for integrated immunophenotyping of human PBMCs and mixed co-culture systems. Frontiers in Immunology. 2026;17:1799028. doi: 10.3389/fimmu.2026.1799028.
  4. Kiel K, Piranlioglu R, Godlewski J, Bronisz A. Harnessing immunotherapy: cancer vaccines as novel therapeutic strategies for brain tumor. Frontiers in Immunology. 2025;16:1588081.
  5. Balakrishnan A, Winiarek G, Hołówka O, Godlewski J, Bronisz A. Unlocking the secrets of the immunopeptidome: MHC molecules, ncRNA peptides, and vesicles in immune response. Frontiers in Immunology. 2025;16:1540431.
  6. Olejniczak B, Balakrishnan A, Augustyniak J, Salińska E, Bronisz A, Godlewski J. Transcriptomic analysis of the TRP gene family in human brain physiopathology. Frontiers in Molecular Neuroscience. 2025;18:1576941.
  7. Kiel K, Król SK, Bronisz A, Godlewski J. miR-128-3p: a gray eminence of the human central nervous system. Molecular Therapy – Nucleic Acids. 2024;35(1):102141.
  8. Godlewski J, Farhath M, Ricklefs FL, Passaro C, Kiel K, Nakashima H, Chiocca EA, Bronisz A. Oncolytic virus therapy alters the secretome of targeted glioblastoma cells. Cancers. 2021;13(6):1287.
  9. Bronisz A, Rooj AK, Peruzzi PP, Krawczyński K, Nakano I, Purow B, Chiocca EA, Godlewski J. The nuclear DICER-circular RNA complex drives the deregulation of the glioblastoma cell microRNAome. Science Advances. 2020;6(51):eabc0221.
  10. Ricklefs FL, Alayo Q, Krenzlin H, et al., Bronisz A, Lawler SE, Chiocca EA. Immune evasion mediated by PD-L1 on glioblastoma-derived extracellular vesicles. Science Advances. 2018;4(3):eaar2766.

Praktyki studenckie i projekty badawcze

Osoby zainteresowane praktykami studenckimi, realizacją projektów magisterskich, doktorskich lub udziałem w projektach badawczych prosimy o kontakt z Pracownią.

Lab Manager: Elżbieta Lewandowska-Gnatowska
e-mail: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.